Yo tengo un giro similar del pie en la subida, normalmente es porque no estoy colocado donde me siento más cómo e inconscientemente me muevo para acomodarme.
Experimenta con amplitud de pies, dirección de la puntera.
La molestia puede darse por varias causas y como no tengo idea diría que la causa principal es la típica, estás ejecutando una sentadilla "que no es la tuya". Ojo, no me hagas mucho caso, disculpa que sea un consejo tan sin sentido.
Prueba, experimenta, si el dolor se mantiene, visita a un fisio que entienda y con suerte encontrarás el origen y podrás hacer una sentadilla que sea más favorable para tus palancas. Recuerda que no todos estamos hechos de la misma forma y por tanto no todos tenemos que hacer los ejercicios multiarticulares de la misma forma.
Un saludo.